Akatsuki lan tỏa khắp nơi để tìm vĩ thú, khi họ bắt được 1 vĩ thú nào đó, họ sẽ tập trung phong ấn bằng nhẫn thuật Genryu Kyu Fujin (Cữu Long Ấn chú), việc phong ấn mất 3 ngày.

Akatsuki ban đầu: Người sáng lập ra tổ chức Akatsuki là Yahiko trong thời điểm đại chiến Ninja lần thứ 3 đang diễn ra và tổ chức đã tập hợp được một số Ninja ở làng Mưa, những người mong muốn hòa bình cho ngôi làng của mình - nơi là chiến trường chính của cuộc đại chiến. Yahiko nhấn mạnh rằng, anh và những người còn lại sẽ cố hết sức giúp Nagato trong việc đem lại hòa bình cho thế giới, nhưng Konan lại nói rằng chính những tinh thần và uy tín mà tổ chức được thành lập. Tuy nhiên, Tobi lại nhận rằng chính mình mới là người khích lệ Yahiko sáng lập ra tổ chức Akatsuki nên hắn mới thực sự là thủ lĩnh của tổ chức.

Trong những ngày đầu, Akatsuki đã gây được tiếng tăm và thu hút được khá nhiều sự chú ý ở làng Mưa, đặc biệt là sự chú ý của Hanzo - thủ lĩnh Làng Mưa và là một Ninja huyền thoại. Hanzo lo sợ rằng tổ chực sẽ là một mối nguy hiểm, đe dọa cho quyền lực thống trị của hắn, nên hắn đã tiếp cận Akatsuki và tuyên bố sẽ sử dụng Akatsuki để tạo lập hòa bình giữa các cường quốc như Làng Lá, Làng Đá, Làng Cát. Tuy nhiên, Hanzo đã phản bội Akatsuki, bí mật làm việc với Danzo - thủ lĩnh đội ANBU của Làng Lá, bắt cóc Konan và dàn xếp cái chết của Yahiko. Quá phẫn nộ trước cái chết của Yahiko, Nagato đã triệu hồi Dị Ma Thần Tượng để tiêu diệt toàn bộ thuộc hạ của Hanzo và Danzo, tuy nhiên, hai người họ đã trốn thoát được. Sau khi hiến dâng sinh lực cho Dị Ma Thần Tượng, Nagato đã trở thành thủ lĩnh Akatsuki và gây ra một cuộc nội chiến ở Làng Mưa. Kết quả là Hanzo bị anh giết chết và từ đó anh cũng trở thành thủ lĩnh của Làng Mưa.

Sau đại chiến Shinobi lần 3, Akatsuki trở thành 1 tổ chức đánh thuê và nhận lệnh từ Tobi trên danh nghĩa Uchiha Madara. Trong thời bình, vì không muốn tốn kém quá nhiều chi phí phát triển quân sự nên nhiều làng Ninja đã sử dụng Akatsuki vào chiến tranh, ám sát, gián điệp. Raikage đệ tứ tuyên bố rằng Làng Mây chưa bao giờ sử dụng Akatsuki. Trong thời gian này, nhiều người tin rằng nguồn gốc thành lập của AKatsuki là từ làng Sương Mù, có lẽ vì việc Tobi điều khiển Mizukage đệ tứ - Yagura. Cuối cùng, Akatsuki bắt đầu đi săn các vĩ thú và kết nạp thêm thành viên vào tổ chức.

Trong phần 2, có nhiều sự kiện riêng lẻ liên quan tới Akatsuki được hé lộ:- Sasori và Orochimaru từng hoạt động chung với nhau trong Akatsuki và rất ăn ý.- Kakuzu đã từng giết khá nhiều cộng sự của hắn nên hắn phải hoạt động chung với Hidan - 1 kẻ bất tử, không thể bị giết/-Sasori đã giết và biến Kazekage đệ tam thành rối dẫn tới sự mất tích của Kazekage Đệ Tam và gián tiếp gây ra Đại chiện Ninja lần 3- Itahchi gia nhập Akatsuki sau vụ thảm sát gia tộc Uchiha ở làng Lá.- Khi Itachi gia nhập Akatsui, Orochimaru trỗi dậy định cướp Sharingan từ Itachi, tuy nhiên hắn đã thất bại và rời bỏ Akatsuki.- Deidara được chọn làm cộng sự mới của Sasori, tuy nhiên hắn bị ép gia nhập sạu khi thua trong cuộc đọ sức với Itachi, điều này gây nên mối thù giữa Deidara và Itachi. Vị trí của Orochimaru không thể thay thế được do khi rời bỏ Akatsuki, Orochimaru đã cầm theo nhẫn của mình khiến Akatsuki không thể kết nạp thành viên thay thế vị trí của hắn. Trong phim, Akatsuki đã bắt được hai vĩ thú trước khi phần 2 diễn ra đó là Ngũ Vĩ và Thất Vĩ.

Cuối phần 1, các thành viên Akatsuki có tập hợp nhau lại và theo như lời Kisame thì đã 7 năm rồi, các thành viên mới họp mặt đầy đủ như vây. Ở phần 2, Akatsuki đã hoạt động mạnh mẽ hơn, Deidara và Sasori đã xâm nhập vào Làng Cát và bắt đi Nhất Vĩ. Tuy nhiên, sau khi phong ấn thì Sasori bị giết bởi Sakura và bà Chiyo. Tobi được kết nạp thay thế vào vị trí của Sasori. Sau đó, Hidan và Kakuzu bắt Nhị Vĩ của Làng Mây, Deidara và Tobi bắt Tam Vĩ. Tuy nhiên, Hidan và Kakuzu bị giết bởi 1 nhóm Ninja làng Lá trên đường bắt Cửu Vĩ. Sau đó, Kisame và Itachi bắt được Tứ Vĩ. Không lâu sau đó, Deidara và Itachi đều bị chết dưới tay của Sasuke. Tobi, dưới danh nghĩa Uchiha Madara, đã nhanh chóng thuyết phục Sasuke gia nhập Akatsuki bằng cách kể sự thật về Itachi cho Sasuke. Mặc dù chỉ có 5 thành viên vào thời điểm này, Tobi tuyên bố điều này để thử lòng của Sasuke.

Trong phim, Nagato đi bắt Lục Vĩ và sau đó được Tobi cử đi bắt Cửu Vĩ, Nagato và Konan đã tàn phá cả Làng Lá nhưng cuối cùng lại thất bại trong việc bắt Cửu Vĩ, kết quả là Nagato chết còn Konan thì rời bỏ tổ chức. Trong khí đó, Sasuke cùng đội Taka (Suigetsu, Karin, Juugo) đi bắt Bát Vĩ nhưng cũng đã thất bại. Qua những hành động đó đã khiến Ngũ Đại Cường Quốc họp bàn với nhau về Akatsuki. Tobi cử Sasuke tấn công vào cuộc họp dự định bắt cóc Ngũ Đại Kage để làm con tin nhưng thất bại và Tobi phải đích thân xuất đầu lộ diện để cứu mạng cậu. Tobi giải thích rõ kế hoạch Nguyệt Nhãn của mình cho Ngũ Đại Kage và yêu cầu họ đầu hàng. Nhưng Ngũ Đại Cường Quốc quyết định hợp nhất lại cùng với lực lượng Ninja Thiết Quốc để lập ra Liên minh Nhẫn giả - Liên minh đầu tiên trong lịch sử thế giới ninja. Giờ đây đã tạo thành 2 phe đối lập nhau, Akatsuki và Liên minh Nhẫn giả và Đại chiến Ninja lần thứ 4 cũng đã bắt đầu.

Để chuẩn bị cho đại chiến, Kisame đã được cử để bí mật thu thập thông tin về Liên minh và về hai Vĩ thú còn lại của Liên minh - Bát Vĩ và Cửu Vĩ. Tuy nhiên, Kisame bị phát hiện và bị Guy - Jounin làng Lá giết chết (nhưng đó chỉ là phân thân của hắn). Nhưng Kisame cũng kịp gửi thông tin tình báo về cho Tobi. Trong khi đó Yakushi Kabuto đã gia nhập vào lực lượng Akatsuki. Tobi đến làng Mưa, giết chết Konan và lấy được Rinnengan từ Nagato. Còn Kabuto thì tới nơi ẩn náu của 2 Vĩ thú còn lại, nhưng hắn chỉ bắt được Yamato (người thừa kế ADN của Hokage Đệ nhất - Hashirama) để tăng cường thêm sức mạnh cho 100000 Zetsu trắng, lực lượng đông đảo của Akatsuki khi sử dụng Edo tensei, hồi sinh lên hàng loạt những Shinobi có tiếng tăm và mạnh mẽ trước kia để chiến đấu với Liên minh Nhẫn giả trong cuộc đại chiến Ninja lần thứ 4.